故事從康熙四十一年（西元1702年）一個失意文人東渡赴台開始。

張士箱，福建晉江鑑湖張氏第24世，科考上的失利給予了他沉重一擊，但他沒有頹喪到底。他把目光投向了百端待舉的對岸──台灣，其時康熙統一台灣已近20年。張士箱改入籍台灣鳳山，再戰科考終得進仕，同時他在拓墾台灣的風潮中一馬當先，帶著兒子從南到北置辦了大量產業。張士箱無疑是個重情的人，他不忘故土，在老家晉江出錢出力修族譜、修祠堂；他亦為腳下熱土不遺餘力，領著子孫為修建台南、彰化孔廟及兩地衙門捐資。

以張士箱家族為代表，康熙統一台灣後百多年間，閩粵移民蜂擁赴台，推動台灣從刀耕火種跑步進入農業發達的近代社會，為台灣的開發灌注了原鄉底色，並塑造了台灣的精神氣質。

以張士箱在台後裔張鈞凱回祖籍地晉江追索先人舊跡為起點，《兩岸家書》溫習了三百年來兩岸以不輟學的鴻雁搭建起大陸移民開發台灣時期、日本殖民統治台灣時期、台灣光復初期、1949 年後兩岸分隔間持續厚植的深遠親情、深厚文化與深密的社會網絡。

張士箱留下的“未了工夫”“雖分猶合”，激勵著兩岸張氏族人各自生長卻始終根系一處；執著於以筆墨為台灣存續中華血脈的《台灣通史》作者連橫，臨終前留言“中日終必一戰，光復台灣即時也”，並將孫子取名為“戰”；在大陸深受五四新文化運動熏陶和啟迪的台灣詩人、評論家、翻譯家張我軍，劍指日本殖民統治的台灣文學界，以《致台灣青年的一封信》開台灣新文學運動之先聲；寄居北京的台灣少女林海音，思念故鄉台灣，卻不願受日本殖民統治，信告台灣苗栗的堂兄，“寧可失去故鄉”，也“不要做一個無國籍的孩子”；抗戰勝利後，為台灣中華文化的重建，語言文學專家許壽裳躊躇滿志赴台主持省立編譯館，在給家人的信中從生活、交通、經濟等方面屢陳台灣的優勢，“既有我在此，為何不來呢？”；1949年後，兩岸一度音訊隔離，但離並未“絕” ，尺素經他國輾轉，兩岸親人艱難一「晤」。湖北劉谷香寄高雄丈夫王德耀信中一句「何予愁之浩浩兮，涕既隕而如狂」道盡了多少離散家庭的涕淚與傷痛…

家書是私人的，記載著個體的喜怒哀樂、家長里短，但它所蘊含的生命能量超越個體，跨越時空。

《兩岸家書》從成立到播出歷經三年時間，期間主創團隊多次造訪中國閩台緣博物館、中國人民大學家書博物館、福建省檔案館、福建省連橫文化研究院、台灣沈春池文教基金會、泉州海外交通史博物館等機構，從12000多封兩岸家書中精選了二十個案例，有名人的，也有普通人的，可見個體命運與時代交融、思想力量與美學韻味並蓄。一封封家書成為宏闊歷史的堅實註腳，於細微處見精神，於私語間察時代，書寫了海峽兩岸不可分割的歷史，陳述了兩岸同胞血脈相連的史實。